Posts

Showing posts with the label Biologi

Pengertian & Perbedaan Feromon, Allomon, dan Kairomon beserta contohnya

SenyawaFeromonAllomonKairomonPengertianFeromon adalah faktor kimia yang disekresikan atau diekskresikan yang memicu respons sosial pada anggota spesies yang sama. adalah suatu senyawa kimia atau campuran senyawa kimia yang dilepas oleh suatu organisme dan menimbulkan respon pada individu spesies lain. adalah suatu senyawa kimia atau campuran senyawa kimia yang dilepas oleh suatu organisme dan menimbulkan respon fisiologis dan perilaku pada individu spesies lain. CiriMenguntungkan bagi produsen dan penerimaMenguntungkan bagi produsen dan merugikan penerima.Senyawa ini memberikan keuntungan bagi penerimaContohKupu kupu betina memproduksi feromon untuk menarik kupu kupu jantanBunga lavender memproduksi senyawa folatil yang mengusir keberadaan nyamukPinus Ponderosa (Pinus ponderosa) menghasilkan terpene yang disebut myrcene ketika dirusak oleh kumbang pinus Barat. Senyawa tersebut dapat memikat lebih banyak kumbang ke pohon.

Protein & Enzim Replikasi DNA Beserta dengan fungsinya

Protein FungsiHelikaseMembuka uliran heliks ganda induk pada garpu replikasiProtein pengikatan beruntai tunggalBerikatan dengan dan menstabilkan DNA Beruntai ganda hingga dapat digunakan sebagai cetakanTopoisomeraseMengurai tegangan 'Pembukaan berlebihan' di depan garpu replikasi melalui pematahan, pemuntiran, dan penggabungan kembali untai DNA.PrimaseMenyintesis primer RNA di ujung 5' untai maju dan masing-masing fragmen Okazaki dari untai lambanDNA Polimerase IIIMenggunakan DNA induk sebagai cetakan, menyintesis untai DNA baru dengan cara menambahkan nukleotida secara kovalen ke ujung 3' dari untai DNA atau primer RNA yang telah ada sebelumnyaDNA Polimerase IMenyingkirkan nukleotida-nukleotida RNA primer dari ujung 5' dan menggantikannya dengan nukelotida-nukelotida DNADNA ligaseMenggabungkan ujung 3' dari DNA yang menggantikan primer ke bagian lain dari untai maju dan menggabungkan fragmen-fragmen Okazaki untai lamban

Pengertian dan Perbedaan Mutasi Silent, Missense dan Nonsense Mutation

1. Silent Mutation (Mutasi Bisu)Merupakan mutasi yang tidak menghasilkan perubahan fenotipe. Ini dapat terjadi jika:Perubahan urutan nukleotida tidak menghasilkan perubahan asam amino yang sesuai. Misalnya jika kodon UUU diubah menjadi kodon UUC, ini akan menjadi mutasi diam karena UUU dan UUC sama-sama dengan fenilalanin asam amino.Mutasi terjadi pada exon (bagian non-coding DNA), dan oleh karena itu tidak mempengaruhi urutan asam amino dari protein yang dihasilkan.Perubahan urutan nukleotida menghasilkan asam amino baru, tetapi asam amino yang memiliki sifat yang sama dengan asam amino digantikannya sehingga keseluruhan protein terus berfungsi normal.2. Missense MutationMutasi pada DNA menyebabkan satu asam amino ditukar dengan yang lain.Ini menghasilkan perubahan pada struktur utama protein yang dapat menguntungkan, netral, atau merusak.3. Nonsensee MutationJenis mutasi ini menyebabkan perubahan urutan nukleotida yang menghasilkan kodon stop awal (UAA, UAG, UGA). Hal ini dapat meny…

30 Perbedaan Bakteri Gram Positif dan Gram Negatif beserta contohnya

Image
NomorKarakteristikGram-Positif BakteriaGram-Negatif Bakteria1. Reaksi GramMempertahankan pewarna kistal violet dengan warna biru atau ungu dalam pewarnaan gramMempertahanan Safranin dengan warna merah atau merah muda setelah proses pembilasan.2. Ketebalan Dinding selTebal (20-80 nm)Tipis (8-10 nm)3. Lapisan PeptidoglycanTebal (Berlapis-lapis)Tipis (Satu Lapis)4. Rigiditas dan ElastisitasKaku dan kurang elastisKurang kaku dan lebih elastis5. Outer Membrane (Membran Luar)Tidak AdaAda6. Variasi Asam Amino dalam Dinding SelSedikitBanyak7. Asam amino dengan gugus Aromatik and sulfur pada dinding selTidak AdaAda8. Ruang PeriplasmikTidak AdaAda9. Asam TeichoicKebanyakan AdaTidak Ada10.PorinTidak AdaAda11.Lipopolysaccharide (LPS)Umumnya Tidak adaTinggi12.Kandungan Lipid Dan LipoproteinRendah (acid-fast bacteria memiliki lipid yang berikatan dengan peptidoglycan)Tinggi (Karena Keberadaan membran luar)13.Ratio of RNA:DNA8 banding 11 Banding 114.MesosomesLebih prominenKurang promin…

Daftar Hormon Tumbuhan Beserta contoh dan fungsinya

Hormon TanamanFungsinyaAuxinPembesaran SelPerumbuhan batangPembelahan selDiferensiasi jaringan pembuluhInisiasi akarRespon tropisDominansi apikalSenesens DaunAbsisi daun dan buahPertumbuhan buahPerbungaanGibberellinsPertumbuhan batangInduksi germinasi bijiProduksi Enzim saat germinasiPertumbuhan BuahSitokininPembelahan selMorfogenesisPertumbuhan tunas lateralEkspansi daunPembukaan stomataMenghambat senesens daunEtilenMemecah dormansiPematangan buahPembukaan daunSenesens daun dan bungaDiferensiasi taruk dan akarInduksi perbungaanAsam AbsisatPenutupan stomataInhibitor pertumbuhan tarukInduksi penyimpanan protein pada bijiDormansi pada bijiRespon luka dan penyakitBrassinosteroidsPembelahan selElongasi selDiferensiasi pembuluhFertilitas tumbuhanInhibitor pertumbuhan dan perkembangan akarInduksi biositesis etilenAsam JasmonatPertahanan tumbuhanInhibitor pertumbuhan dan germinasi bijiInduksi senesens, absisi, dan pematangan buahAsam salisilatResistensi terhadap patogenInhibitor pembentukan …

16 Contoh Inhibitor Kompetitif dan Inhibitor Non Kompetitif Protein

Inhibitor KompetitifInhibitor Non-KompetitifInhibitor kompetitif dapat dianggap sebagai analog struktural substrat, dan dengan demikian bersaing untuk situs pengikatan aktif yang sama pada enzim.Inhibitor, yang bukan substrat, menempel pada bagian lain dari enzim, dengan demikian mengubah bentuk keseluruhan dari situs untuk substrat normal sehingga tidak sesuai seperti sebelumnya, yang memperlambat atau mencegah terjadinya reaksi.Contoh:Contoh:TetrahydrofolateSianidaPara-aminobenzoicPenicillinRelenzaNifedipineMalonateTranylcypromine6-mercaptopurinePhenethyl isothiocyanateAllopurinol6-hydroxyflavone5-fluororacilSildenafilMethyl-glyoxal-bisStrychnine

12 Contoh Motif dan Domain Protein

MotifDomainMotif protein merupakan segmen pendek berpola yang lestari pada struktur tiga dimensi protein.Domain merupakan struktur tiga dimensi yang independen dan stabil dari suatu protein. Struktur ini dapat muncul, berevolusi, dan nemiliki fungsi secara independent dengan bagian protein lain. Domain yang sama dapat pula muncul pada protein yang berbeda.Contoh:Contoh:Helix-turn-helixSrc homology 3Zinc finger motifall-β nucleotide binding domainFour-helix bundle motif α/β-substrate binding domain"Greek Key" motifα/β-regulatory domainbeta-alpha-betacellulose-binding domainbeta-hairpin atau beta-betaDNA-binding domain

Perbedaan Motif dan Domain Protein Beserta Contohnya

MotifDomainMotif protein merupakan segmen pendek berpola yang lestari pada struktur tiga dimensi protein.Domain merupakan struktur tiga dimensi yang independen dan stabil dari suatu protein. Struktur ini dapat muncul, berevolusi, dan nemiliki fungsi secara independent dengan bagian protein lain. Domain yang sama dapat pula muncul pada protein yang berbeda.Contoh:Contoh:Helix-turn-helixSrc homology 3Zinc finger motifall-β nucleotide binding domainFour-helix bundle motif α/β-substrate binding domain"Greek Key" motifα/β-regulatory domainbeta-alpha-betacellulose-binding domainbeta-hairpin atau beta-betaDNA-binding domain

Perbedaan Epigeik, Endogeik, dan Anesik Beserta dengan contohnya.

Image
Perbedaan Epigeik, Endogeik, dan Anesik Beserta dengan contohnya.

Eoigeik (Epigeic, Organisme yang hidup dipermukaan tanah. Pada umumnya memakan sisa sisa tanaman (detritus) dan tidak membentuk lubang sarang (burrow. Contoh cacing: Lumbricus rubellus, Lumbricus castaneus, Satchellius mammalis. Contoh arthropoda: kaki seribu, kelabangEndogeik (Endogeic), Organisme yang membentuk galian horizontal dari permukaan tanah (burrow). Contoh cacing: Allolobophora chloroticaAnesik (Anecic), organisme yang membentuk galian yang menembus jauh ke dalam tanah secara vertikal. organisme ini pada umumnya mengambil sisa tanaman yang ada di dalam tanah kemudian dibawa ke dalam lubang galian di bawah tanah. contoh cacing: Lumbricus terrestris and Aporrectodea longa. Contoh arthropoda: rayapSumber:Seric Jelaska, L., & OC Symondson, W. (2016). Predation on epigeic, endogeic and anecic earthworms by carabids active in spring and autumn. Periodicum biologorum, 118(3), 281-289.Tuf, I. H., Tufová, J.…

3 Tahapan Suksesi ekologi: Pionir, Intermediet, dan Klimaks

Image
Tahapan Suksesi ekologi
Tahap Pioneer, Tumbuhan tingkat rendah dan herba mulai mengkolonisasi lingkungan dan membentuk komunitas pionir. Komunitas pionir dicirikan dengan sifat tumbuhan yang membutuhkan intensitas cahaya tinggi untuk dapat bertahan hidup. Komunitas biasanya terdiri dari lumut, paku, dan rerumputanTahap Intermediet, Komunitas menjadi lebih kompleks karena tersusun atas tumbuhan tingkat rendah dan juga tingkat tinggi seperti tumbuhan herba, semak,dan perdu. Tahap intermediet dicirikan dengan keanekaragaman yang tinggi. Tahap Klimaks,Tahap ini dicirikan dengan komunitas klimaks yang tersusun dari pohon berukuran besar seperti jati, dan fikus yang tutupannya akan menaungi bagian dasar hutan. Tanaman pada tahap pionir biasanya tidak ditemui lagi karena kebutuhan intensitas cahaya tidak terpenuhi. Tanaman seperti semak dan perdu juga akan kalah bersaing dengan pohon berukuran besar. Tahap ini juga dicirikan dengan tingkat keanekaragaman yang rendah

Perbedaan titik isoelektrik pI dan pK

pI (titik isoelektrik) merupakan keadaan pH saat asam amino tidak membawa muatan listrik atau netral. Nilai pI juga didefinisikan sebagai nilai pH saat asam amino tidak bermigrasi dibawah medan listrik.pK merupakan logaritma negatif dari konstanta disosiasi (k). Konstanta disossiasi ini berkaitan dengan laju reaksi dari suatu senyawa. Terdapat pula pKa yang merupakan nilai konstanta dissosiasi asam yang menunjukan kekuatan adam dalam larutan.

Perbedaan keanekaragaman spesies dan kekayaan spesies

Keanekaragaman SpesiesKekayaan SpesiesMerupakan nilai yang merepresentasikan jumlah dan kelimpahan spesies pada suatu komunitas.Merupakan banyaknya spesies yang ada pada suatu komunitas.Keanekaragaman spesies dapat melingkupi kekayaan spesies, indeks keanekaragaman, dan kemerataan spesies

Contoh Aplikasi Metagenomik dalam kehidupan

Penelitian yang dilakukan oleh Duan dan Feng (2010) didasari oleh pentingnya enzim sellulase dalam kehidupan seperti dalam pakan, produksi bioethanol, peternakan, indutri kertas, hingga pakaian. Oleh karena itu diperlukan pencarian terhadap enzim-enzim kelompok sellulase agar didapatkan enzim dengan fungsi spesifik yang bervariasi. Pendekatan metagenomic dilakukan dengan beberapa tahapan. Setelah dilakukan ekstraksi genom dari lingkungan, dilakukanlah tiga tahap analisis. Tahap pertama, template metagenomic digunakan untuk mengamplifikasi 16S/18S rRNA coding sequences yang kemudian digunakan untuk studi komunitas mikroba. Kemudian, DNA digunakan untuk menyusun pustaka untuk mendapatkan vector cloning serta inang yang cocok untuk memproduksi gen biokatalis berbasis fungsi dan sekuens. Tahap ketiga adalah sekuensing menggunakan teknologi firosekuensing. Pada akhirnya, dari berbagai organisme yang diisolasi dari tanah dan sistem pencernaan hewan, didapatkan berbagai kandidat gen biokatal…

Pengertian Metagenomik. proses sampling DNA, Teknologi sequencing, dan Anotasi Gen

Metagenomik merupakan analisis genetika secara langsung dari suatu genom sampel. Metagenomik memberikan akses kepada gen fungsional dan deskripsi filogenetik yang lebih luas. Dengan sendirinya, metagenomic akan memberikan inromasi mengenai biokatalis atau enzim baru, hubungan genomic antara fungsi dan filogeni serta profil evolusi dari fungsi dan struktur. Dalam proses eksperimennya, terdapat serangkaian tahapan dari mulai proses sampling, teknik sequencing, pengumpulan data, binning, dan annotasi. Tahapan tersebut juga perlu disusun melalui desain eksperimen dan analisis statistic yang sesuai.Proses sampling merupakan salah satu tahap paling krusial dari projek metagenomik manapun. DNA yang diekstrak haruslah representatif dari semua sell yang ada dan harus diperoleh asam nukleat dengan kualitas dan kuantitas yang mencukupi untuk proses pengarsipan dan sequencing. Perlu diperhatikan juga hubungan antara organisme sampel dengan inangnya. Materi genetik inang dapat menyaingi jumlah org…

Perbedaan struktur gen prokariot dan eukariot beserta contohnya

Image
• Gen prokariotik: Pada bagian upstream terdapat daerah regulatory gene yang akan mengatur proses transkripsi. Setelah itu terdapat daerah operon yang terdiri dari daerah promoter, operator, dan Struktural gen. Promoter merupakan daerah pelekatan polimerase dan faktor transkripsi. Operator, tempat penempelan inhibitor. Struktural gene merupakan daerah pengkode yang dapat mengkodekan beberapa protein.
• Gen eukariot secara umum terdiri dari daerah promoter yang terletak pada daerah upstream dan transcribed region yang terdiri dari exon dan intron. Bagian promoter memiliki tempat pelekatan TF, RNA Polimerasi, dan elemen regulator lain. Bagian intron tidak membawa informasi genetik sedangkan ekson membawa informasi genetik dari protein yang dikodekan. Setelah melalui proses transkripsi, mRNA akan melalui proses splicing untuk membuang daerah intron. mRNA yang telah memalui proses tersebut akan memiliki start kodon, Coding Sequence (CDS), dan stop kodon.

Tiga metode untuk memprediksi gen, beserta contohnya

• Ab-Initio, merupakan tipe algoritma yang mempreduksi promoter dan regulatory elemen prokariot dan eukariot berdasarkan karakteristik pola sekuens. o Program: HMM, GRAIL• Homology based, merupakan metode yang menggunakan informasi evolusi dengan mengkombinasikan hasil prediksi struktur sekunder ab-initio dengan informasi pensejajaran dari beragam sekuens homolog. o Program: SGP-1, TwinScan• Concensus based, membandingkan hasil prediksi dari berbagai progam. Prediksi yang sama yang dihasilkan oleh kebanyakan program dipertahankan untuk menyusun hasil yang baru. o Program: GenComber, DIGIT

Pengertian Promotor dan Daerah Penyusun Promotor (Core, Proximal, Distal)

• Promoter merupakan daerah pada DNA yang berlokasi pada bagian awal dari Gen dan berfungsi sebagai pelekatan RNA polimerase dan faktor transkripsi. Beberapa komponen yang berhubungan antara Faktor Transkripsi, RNA Polimerase, dan TATA box.• Daerah promoter terdiri dari daerah:a. Core Daerah minmum untuk menjalankan transkripsi. Terdiri dari, Transcription Start Site, RNA plimerase binding site, dan Transcription binding site.b. Proximal Daerah yang cenderung memiliki elemen regulator utama yang mempengaruhi transkripsi. c. Distal Daerah yang mungkin memiliki elemen regulator tambahan yang seringkali pengaruhnya lebih rendah ketimbang promoter proksimal

Pengertian singkat dan fungi Portein Transmembran

Protein transmembrane merupakan protein integral yang terletak pada membrane sel. Terdapat protein transmembran fungsional yang memiliki peran yang sangat penting. Fungsi protein transmembrane sangatlah beragam dan secara umum dibagi menjadi berfungsi sebagai reseptor, channel, situs pengenalan dan juga menjaga stabilitas membran.

Perbedaan pengertian Hydropathy plots dengan Solubility Plot beserta contohnya

Image
Gambar berikut merupakan Hydropathy plots dari sekuens asam amino yang dianalisis. Hydropathy plots merupakan plot yang memvisualisasikan hidrofobisitas sepanjang sekuens polipeptida. Pada plot ini dapat terihat pula hidropobisitas dan hidofiliksitas. Dengan menggunakan plot ini, dapat diketahui bagian mana dari sekuens protein yang bersifat hidrofobik atau hidrofilik.
Berbeda dengan Hydropathy plots analisis kedua dengan hasil dibawah menunjukkan prediksi solubilitas suatu protein. Hydrofobisitas menjadi penting karena akan menjadi salah satu faktor penentu pelipatan polipeptida yang akan menentukan fungsi dari suatu protein. Solubilitas dari protein sangat penting untuk diketahui sebagai salah satu faktor yang diperlukan dalam proses analisis fungsional suatu protein. Solubilitas protein itu sendiri dipengaruhi oleh komposisi dan sekuens asam amino, berat molekul, konformasi dan kandungan asam amino polar dan nonpolar.

Pengertian dan Perbedaan Struktur primer, sekunder, tersier, dan kuartener protein secara singkat

• Struktur primer adalah struktur paling sederhana. Struktur primer ini terjadi karena residu-residu asam amino saling berikatan karena adanya ikatan peptida. Kedua ujung rantai polipeptida terhubung anatara gugus karboksil (C-terminal) dan ujung amino (N-terminal) berdasarkan sifat dari gugus bebas. Struktur primer protein yang terbentuk berupa sekuens asam amino yang linear. • Struktur sekunder protein merupakan struktur 3 dimensi dari segmen lokal suatu protein. Struktur ini terdiri dari dua struktur regular yaitu struktur sekunder adalah α-helix dan β-sheets serta terdapat pula struktur irregular yakni coil dan loop. • Struktur tersier merupakan sebuah untaian rantai polipeptida dengan beberapa struktur sekunder. Sisi sisi dari untaian polipeptida dapat saling berinteraksi dan membentuk ikatan yang pada akhirnya akan menentukan struktur 3 dimensi dari protein ini.• Struktur kuartener protein tersusun dari beberapa rantai polipeptida dalam bentuk kompleks subunit